著作权保护计算机软件与专利保护计算机软件的区别如下：
1、保护原则不同。软件著作权是在软件创作完成后自动产生的，也是自愿进行软件著作权登记，登记的目的是体现公证的效力，主要用于声明著作权权属，同时使后续维权时的证据力度更大。软件专利则必须向专利局提出申请才能获得保护，因此必须要积极申请，且专利制度也是以“用公开换保护”为原则；
2、保护客体不同。软件著作权申请提交的资料是源代码及用户操作手册，所以软件著作权保护的是表现形式，不保护思想。这样就有可能出现竞争对手将你的软件进行研究，然后改变编程语言，达到的结果是一样的，但由于代码不相同，所以不侵犯著作权。软件专利则不同，在申请时描述的是软件的设计构思，包含了软件流程图的内容，而不是主要说明采用哪种程序语言实现。一旦获权后，他人只要采用了软件专利的设计构思或方案，就可能构成侵权。
法律依据：《计算机软件保护条例》第十九条
许可他人专有行使软件著作权的，当事人应当订立书面合同。
没有订立书面合同或者合同中未明确约定为专有许可的，被许可行使的权利应当视为非专有权利。
